Леонардо - Один из главных персонажей. Он показан как самый старший из всей Черепашьей четвёрки. Обычно носит синюю повязку и вооружен двумя катанами. Ему присущи лидерство и дисциплина. Получил свое имя в честь художника эпохи Ренессанса — Леонардо Да Винчи.
Микеланджело - Это весьма непосредственная Черепашка Ниндзя, «звезда тусовок». Он всегда старается облегчить ситуацию, в которой находятся Черепашки, опуская колкие замечания и дурачась. Жизнь ниндзя он сам называет «фантастической!» Но когда доходит до дела, он может сам о себе позаботиться.
Рафаэль - Один из черепашек-ниндзя, часто считается вторым по старшинству. Его бандана красного цвета, и он владеет парой сай. Рафаэль обычно довольно агрессивен, угрюм, упрям и вспыльчив. Его назвали в честь Рафаэля Санти, художника времен Возрождения. Рафаэль всегда рвётся вперёд и ненавидит ждать.
Донателло - Один из четырех героев серии комиксов и других медиа-проектов про Черепашек Ниндзя. Носит фиолетовую бандану. Его личное оружие — шест Бо. Его всегда изображают как самого умного и осведомленного из всей четверки, часто изъясняющегося научной терминологией, так как он имеет врожденную способность к науке и технический талант. Он третий по старшинству брат, был назван в честь скульптора Донателло.
Рокстеди и Бибоп — мутанты, помощники Шреддера, впервые появившиеся в мультсериале Черепашки-Ниндзя, также являются боссами уровней в играх о Черепашках-Ниндзя. Имена героев обозначают музыкальные жанры. Бибоп — это стиль в джазе. Рокстеди — ямайский стиль музыки, предшествовавший регги.
Тигриный Коготь - ещё мальчиком мутировал в тигрочеловека, работал в цирке. Потом стал головорезом.