
Леонардо - Один из главных персонажей. Он показан как самый старший из всей Черепашьей четвёрки. Обычно носит синюю повязку и вооружен двумя катанами. Ему присущи лидерство и дисциплина. Получил свое имя в честь художника эпохи Ренессанса — Леонардо Да Винчи.
Микеланджело - Это весьма непосредственная Черепашка Ниндзя, «звезда тусовок». Он всегда старается облегчить ситуацию, в которой находятся Черепашки, опуская колкие замечания и дурачась. Жизнь ниндзя он сам называет «фантастической!» Но когда доходит до дела, он может сам о себе позаботиться.
Рафаэль - Один из черепашек-ниндзя, часто считается вторым по старшинству. Его бандана красного цвета, и он владеет парой сай. Рафаэль обычно довольно агрессивен, угрюм, упрям и вспыльчив. Его назвали в честь Рафаэля Санти, художника времен Возрождения. Рафаэль всегда рвётся вперёд и ненавидит ждать.
Донателло - Один из четырех героев серии комиксов и других медиа-проектов про Черепашек Ниндзя. Носит фиолетовую бандану. Его личное оружие — шест Бо. Его всегда изображают как самого умного и осведомленного из всей четверки, часто изъясняющегося научной терминологией, так как он имеет врожденную способность к науке и технический талант. Он третий по старшинству брат, был назван в честь скульптора Донателло.
Ранее, Саблезуб был попрошайкой в клане Фут, однако после того, как над ним поставили эксперимент злобные Крэнги, обычный попрошайка мутировал в кровожадного и безжалостного монстра. Такой противник стал самым опасным врагом черепашек, так как трудно устоять перед его механическими когтями.
Сплинтер - крыса-мутант и наставник черепашек-ниндзя. Он обучил их боевым искусствам, а также выступает в качестве их приёмного отца. Сплинтер - умный, мудрый, терпеливый. В зависимости от своего медиа-воплощения, он либо сам является ниндзя по имени Хамато Йоши, ставшим мутантом, либо его домашним животным.
Шреддер - один из главных противников черепашек-ниндзя. Чаще всего в качестве Шреддера выступает ниндзя Ороку Саки.
Кожеголовый - мутант-аллигатор, выросший в канализации Нью-Йорка. В зависимости от своего медиа-воплощения, он выступает либо как союзник черепашек-ниндзя, либо как их противник.